Ośrodek Badań Naukowych im. Wojciecha Kętrzyńskiego prowadzi badania naukowe dotyczące dziejów Warmii i Mazur oraz współczesności regionu. Zgodnie z zadaniami określonymi w statucie. Ośrodek badaniami obejmuje ziemie położone między dolną Wisłą a Niemnem. Od kilku lat zainteresowania badawcze obejmują Obwód Kaliningradzki i kraje nadbałtyckie, głównie Litwę, Łotwę oraz Estonię. Z racji na liczną mniejszość ukraińską mieszkającą na Warmii i Mazurach, badania dotykające problematyki tej ludności oraz dziejów Ukrainy. Naukowe zainteresowania koncentrują się na Obwodzie Kaliningradzkim, głównie na gromadzeniu bogatej dokumentacji życia społecznego, politycznego, naukowego, gospodarki, demografii oraz kwestii wyznaniowych.

Ośrodek pozostał konsekwentny w prowadzeniu badań, których profil został wypracowany przez czterdzieści lat istnienia Ośrodka, a także zapoczątkowany przez Instytut Mazurski, założony w Olsztynie w 1945 roku.